微波是一種頻率高、波長短、穿透性強的電磁波，一般使用的頻率為2450MHz和915MHz，可殺滅包括芽孢在內的所有微生物。因其具有殺菌廣、節能、快捷等優點而應用越來越廣泛，但其受影響因素較多，如不能正確地進行操作，可能會造成消毒滅菌的失敗。
微波殺菌的原理：
① 微波能的熱效應：在一定強度微波場的作用下，食品中的蟲類和菌體會因分子極化現象，吸收微波能升溫，從而使其蛋白質變性，失去生物活性。微波的熱效應主要起快速升溫殺菌作用；
② 微波能的非熱效應：高頻的電場也使其膜電位、極性分子結構發生改變；使微生物體內蛋白質和生理活性物質發生變異，而喪失活力或死亡。在滅菌中起到了常規物理滅菌所沒有的特殊作用，也是造成細菌死亡原因之一；
③ 微波殺菌是微波熱效應和非熱效應共同作用的結果。一般情況下，在食品殺菌處理到相同的菌落等級條件下，微波它所需要的加熱時間更短，加熱溫度相對沒那么高。另外，把加熱到相同溫度條件下，微波比其他滅菌釜殺菌之后的菌落數量會更低，殺菌等級更高。
微波殺菌是采用頻率在300兆赫~300千兆赫介于無線電波和光波之間的超高頻電磁波(其波長為1米~1毫米的電磁波)，對食品進行殺菌，因其頻率很高，所以在某些場合稱微波為超高頻。微波殺菌溫度低于常規方法，一般情況下，常規方法殺菌溫度要在100℃以上，時間要在十幾分鐘至幾十分鐘，而微波殺菌時間約為90～180秒。這是因為微波與生物體及其組成的基本單元―細胞之間相互作用后，生物體的細胞生理活動變化而達到殺菌的效果。研究表明：用微波殺菌，細菌致死值在微波電磁場環境下，也同熱力殺菌一樣，呈對數規律線性下降，兩者相比僅是斜率不同，而且非熱效應的殺菌效果要比熱效應大得多，這是微波殺菌的獨特優勢。
綜上所述，微波消毒是以熱效應為主，非熱效應為輔，通過多種效應共同作用的結果。
微波殺菌的影響因素：
① 含水率：水的介電常數與介質損耗大,對微波吸收效能好,是微波的強吸收介質。有研究表明當含水率≤25%時,含水率愈高,殺菌效果愈好。
微波殺菌的應用：
隨著微波技術在各行各業應用的深入，微波殺菌以其快速、節能、徹底等優勢已經越來越得到用戶的認可。典型的應用有：醫療廢棄物的處理、醫用衣物的烘干、農業基地菌種土壤的殺菌等。另外，傳統的紫外燈采用有電極結構，耗能高、壽命短。而近幾年流行的微波無極紫外燈，很好地克服了上述缺點，已經大量應用于環保、食品等各個行業。
江蘇麥克威微波殺菌的優勢：
① 表面和內部同時進行
常規熱力殺菌是從物料表面開始，然后通過熱傳導傳至內部。存在內外溫差。為了保持食品風味，縮短處理時間，往往食品內部沒有達到足夠溫度而影響殺菌效果。由于微波具有穿透作用，對食品進行整體處理時，表面和內部都同時受到作用，所以消毒殺菌均勻、徹底。
② 時間短 速度快 效率高
常規熱力殺菌是通過熱傳導，對流或輻射等方式將熱量從食品表面傳至內部。要達到殺菌溫度，往往需要較長時間。
而微波殺菌是微波能與食品及其細菌直接相互作用，因此，用它來殺菌效率會非常高，一般只需要幾分鐘就可以。
③ 節約能源
傳統的殺菌方式，需要大量的能源，而微波殺菌是對食品進行直接處理，沒有額外的消耗，因此，能夠很好的節約能源。
④ 味道更新鮮
微波殺菌是通過特殊熱和非熱效應殺菌，與常規的加熱并不是一樣的，它可以使食物的色、香、味、形等風味，進行膨化，從而達到保鮮的作用。
⑤ 均勻徹底
常規熱力干燥、殺菌是從物料表面開始，然后通過熱傳導傳至物料內部。物料內外溫度存在溫差，內外干燥、殺菌效果一致性差。為了保持風味，縮短處理時間，往往內部達不到足夠溫度而影響干燥、殺菌效果。采用提高處理溫度可有所改善這一現象，然而這使物品表面的色、香、味、形等品質下降。微波具有穿透性能，表面和內部同時作用，能保證內、外部溫度一同達到要求值，所以干燥、殺菌均勻、徹底。
⑥ 節約成本
使用微波殺菌它能夠節約面積，一套設備也只需要幾個人，大大地節約了勞動資源。目前，微波殺菌應用非常廣泛，比如說用于泡菜、 竹筍、奶制品、調味品、香精香料、方便面湯料、月餅、面條、豆腐等產品當中。
⑦ 便于操作
微波食品殺菌處理，設備能即開即用，沒有常規熱力殺菌的熱慣性，操作靈活方便，微波功率能從零到額定功率連續可調、傳輸速度從零開始連續調整，便于控制。
⑧ 設備簡單 工藝先進
與常規消毒殺菌相比，微波殺菌設備，不需要鍋爐，復雜的管道系統，煤場和運輸車輛等，只要具備水、電基本條件即可。
⑨ 改善勞動條件 節約占地面積
設備的工作環境溫度低、噪音小，極大地改善了勞動條件。整套微波設備的操作人員只需2-3人。廣泛用于牛肉干、豬肉脯、魚片、醬囟肉、鴨肉、雞肉等制品的熱化、干燥和殺菌。肉制品經微波殺菌后，其鮮度、嫩度、風味均保持原樣，衛生指標完全可低于食品衛生標準，貨架貯存時間可達1-2個月，微波對肉制品殺菌、保鮮技術的成功應用，由原來保鮮期3天，延長到1-2個月，已將該項技術成果提高到嶄新階段。
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