紫外線殺菌器的優點在于設計精巧，結構緊湊，占地面積小;殺菌器效果好，能力強，而且沒污染。所以它能夠適用于許多行業，例如，電子工業超純水系統作流水殺菌用，也適用于醫藥、食品、飲料、化學 、化妝品、海水養殖等工業原料水，飲用純凈水，礦泉水，山泉水，洗凈水系統作流水殺菌用。另外，對機關團體，高級飯店，公共場所等供水系統，也是很好的衛生防疫消毒設備。

拿海水養殖業的應用來說，利用紫外線殺菌得到了越來越廣泛的應用。而在水產養殖領域中絕大多數的水藻及引起魚類疾病的細菌在強紫外線照射下，數秒之內即可死亡解體，所以采用  紫外線殺菌器消毒方法能夠徹底地解決殺菌消毒的問題。雖說紫外線殺菌器的效果很好，但要正確的使用，在使用過程中，要注意保證水接受紫外線輻射時間不小于3秒，否則殺菌效果會受到影響。還有需要注意的是，殺菌要根據水體大小和環境溫度條件，從而選擇紫外線燈的功率和數量。