布局設計時，在滿足不同功能的實驗室需求的同時，應盡量考慮按實驗工作的流程來進行合理的布局，減少工作人員作無謂來回走動，即效率原則。另外，在進行儀器室的布局設計時，應盡量避免不同儀器間相互干擾的問題。

潔凈室按用途分類

1、工業潔凈室：以無生命顆粒（包括無機性微粒和有機性微粒）的控制為對象。主要控制無生命微粒對工作對象的污染，其內部一般保持正壓。它適用于精密工業、電子工業、航空工業、化學工業、原子能工業、印刷工業和照相工業等部門。

2、生物潔凈室

以有生命微粒的控制為對象，又可分為：

一般生物潔凈室：主要控制有生命顆粒（例如單細胞藻類、菌類、原生動物、細菌和病毒等）對工作對象的污染。內部一般保持正壓。實質上這是一種結構和材料允許進行滅菌處理的工業潔凈室，可用于食品工業（防止變質、發霉）、制藥工業（高純度、無菌制劑）、醫療設施（手術室、制劑室、調劑室）、動物實驗室（無菌動物飼育）和研究實驗設施（理化、潔凈實驗室）等部門。

生物安全潔凈室：它要求控制的室內參數基本上與一般生物潔凈室相同，主要控制工作對象的有生命微粒對外界和人的污染，不同的是室內要求靜壓比周圍環境低（即負壓度）。用于研究實驗設施（細菌學、生物學潔凈實驗室）生物工程（重組基因、疫苗制備），因為它說從事的研究對象是對人體和環境有很大危害的物質，如艾滋病防治的研究，這種潔凈室的氣密性要求比一般潔凈室高，施工難度大，安全度要求高，造價也較一般潔凈室高，在施工中應加以重視。