1、享受國家優惠政策：辦理軟件著作權登記的企業可享受國家各種優惠政策，包括投融資、稅收、出口政策等，具體可參見國務院18號文件；
2、“雙軟認定”的前提：軟件著作權登記是企業辦理“雙軟認定”（軟件產品登記、軟件企業認定）的必要前提。信息產業部的《軟件產品登記管理辦法》的第七條第四款規定，軟件登記時要提交知識產權證明。此知識產權證明即指《軟件著作權登記證書》；
3、可作為技術出資入股：《關于以高新技術成果出資入股若干問題的規定》規定：“計算機軟件可以作為高新技術出資入股，而且作價的比例可以突破公司法20%的限制達到35%�！鄙踔劣械牡胤秸�府規定“可以100%的軟件技術作為出資入股”，但都要求必須首先辦理軟件著作權登記；
4、申請科技成果的依據：科學技術部關于印發《科技成果登記辦法》的通知第八條規定：“辦理科技成果登記應當提交《科技成果登記表》及下列材料：（一）應用技術成果：相關的評價證明（鑒定證書或者鑒定報告、科技計劃項目驗收報告、行業準入證明、新產品證書等）和研制報告；或者知識產權證明（專利證書、植物品種權證書、軟件登記證書等）和用戶證明”。這里的軟件登記證書指的是軟件著作權登記證書和軟件產品登記證書。其他部委也有類似規定；
5、企業破產后的有形收益：軟件著作權作為企業的“無形資產”，不會隨企業的破產而消失。企業破產后，無形資產的生命力和價值仍然存在，可以在轉讓和拍賣中獲取有形資金；
6、予以重點保護：計算機軟件著作權登記是我國著作權法規所規定的對計算機軟件著作權保護的一項行政輔助管理措施，《計算機軟件著作權登記辦法》第二條和國務院18號文件均有規定，國家著作權行政管理部門鼓勵著作權人進行計算機軟件著作權登記，并對已登記的軟件給予重點保護。 軟件著作權登記文件是對登記事項的初步證明，對確定軟件著作權的歸屬、理順著作權關系、減少著作權糾紛以及打擊非法盜版等有著積極的作用。