UV激發法是用短于400nm紫外光進行激發。該法不存在可見的激發光，所以被觀察的熒光呈現該染料固有的熒光，容易判別標本上的特異熒光和背景組織的自身熒光。

BV激發法是以404nm、434nm為中心的由紫外至藍光進行激發。該方法使用藍光照射標本，所以熒光顯微鏡的截止濾光片必須使用可完全阻斷藍光并可充分通過所需綠、黃熒光的濾光片。用于熒光抗體法的熒光色素。對于激發光的極大吸收波長和熒光的極大發光波長比較接近，所以BV激發法使用的濾光片必須使用銳截止式濾光片。該法可用藍光作為激發光，所以熒光色素的吸收效率較高，可得到較明亮的圖像。其缺點是500nm以下的熒光無法看到，而500nm以上的使整個圖像顯黃色。在熒光抗體法中，大多以熒光色素特有的顏色來判斷其特異性，所以在討論微妙的特異性時，上述BV激發法的缺點往往影響極大。